菌肥的作用有以下几方面：
1.1改善土壤养分供应状况
菌肥主要通过各种菌剂促进土壤中难溶性养分的溶解、释放。菌剂在代谢过程中释放出大量的无机有机酸性物质，促进土壤中微量元素硅、铝、铁、镁、钼等的释放及螯合，有效打破土壤板结，促进团粒结构的形成，使被土壤固定的无效肥料转化成有效肥料，改善了土壤中养分的供应情况、通气状况及疏松程度。
1.2促进作物生长
菌肥的使用，促进了刺激素的产生，调节、促进作物的生长发育。菌剂的使用，可以促进赤霉素、生长素和其他活性物质的产生。
1.3增强作物抗病抗逆能力
菌肥中部分菌种具有分泌抗菌素和多种活性酶的功能，抑制或杀死致病真菌和细菌；大量的田间试验证明，菌肥的应用可以降低病虫害发生率及增强作物的抗逆性能。如对棉花黄枯萎病，稻瘟病，小麦的白粉病、茎腐病，蔬菜猝倒病、立枯病、青枯病等有一定的防治和抑制作用，大量实验表明地恩地微生物菌剂可有效抑制某些种类线虫病的发生。菌肥还有明显的抗旱、耐寒、抗倒伏、抗盐碱的效果，增强作物的抗病性，从而有效预防作物生理性病害的发生。
1.4提高产量、改善品质
使用微生物肥料可以提高农产品中的维生素C、氨基酸和糖分的含量，有效降低硝酸盐含量，使生产出来的农产品好吃又好看，卖个好价钱。可不同提高作物产量20-30％。
